水中的有机物污染可分为两类，天然有机物和人式合成有机物。前者是指自然物种经过自然循环的过程中腐烂分解所产生的物质，后者是指大多为有毒有机污染物。
1、传统有机物也称自然环境的代谢物，如水生生物及其分泌物腐殖质等，典型的传统有机物不超过20种。天然水体中的传统有机物一般是指有机腐殖质。这些有机物质大部分呈胶体微粒状，部分呈真溶液状，部分呈悬浮物状。
(1)腐殖质是动植物残体通过化学和生物降解以及微生物的合成作用形成的。腐殖质是一类亲水的酸性的多分散物质，其分子量在几百到数万之间。其组成可根据溶解性的不同分为三类如腐殖酸、富里酸及黑腐物。
(2)耗氧有机物包括蛋白质、脂肪、氨基酸，碳水化合物等。耗氧有机物一般不具毒性，易为生物分解，这类有机物通过消耗水中大量的溶解氧恶化水质，破坏水体功能，水中耗氧有机物的分解常释放出营养物质—氮、磷、硫等会引起水体中水生植物与藻类的大量繁殖，容易引起水体的富营养化。
(3)藻类有机物是藻类的分泌物及藻类尸体分解产物的总称。藻类在其生长过程中由于新陈代谢从体内排出的一些代谢残渣以及细胞分解的产物，即藻类分泌物，是从藻类中分离出来的一类有机物，其中一部分溶于水中，另一部分仍吸附在藻类表面。
(4)非溶解性有机物，水中的颗粒态有机物主要有被大分子有机物包裹的颗粒及生物态颗粒有机物和油的乳浊液。生物态颗粒有机物主要是一些微生物(藻类、细菌)及其尸体(细胞碎片)，也可能有其它的有机碎片，原生动物和后生动物。
2、有毒有机物污染。有毒有机物污染物即人工合成有机物(SOC)，具有以下特点：难于降解，在环境中有一定的残留水平，具有生物富集性，三致(致突变、致畸变、致癌变)作用和毒性，相对于水体中的天然有机物，它们对公众的健康危害更大。医学中流行病学已查明，80%-90%的癌症与环境因素有关，而绝大多数致癌物则是有毒有机物。
