裸藻水华多发生在静水、有机质丰富的小水体，水库、河沟、江河等较少见。裸藻适宜生存的温度范围很广，水华形成的适宜温度为20℃-35℃，生长时间横跨春、夏、秋三个季节，尤以6、7、8、9月份生长最旺盛。
裸藻水华颜色呈绿色、蓝绿色，这点跟蓝藻引起的水华很像，较难鉴别，可通过测量pH进行鉴定，裸藻绝大多数生长于pH6.5-8.5之间的水体中，而蓝藻大量繁殖时，pH多在8.5以上。另外，裸藻水华有时也会出现红褐色（俗称“铁锈水”）或者酱油色（多发生在养殖中后期和老化池塘）。
裸藻对温度突变很敏感，当遇到恶劣天气或环境变化较大时，裸藻比蓝藻、绿藻等更容易突然集体死亡而发生倒藻现象。裸藻大量死亡后，尸体分解会释放毒素，不仅败坏水质，还会造成鱼虾泛塘、死亡。裸藻水华不易杀灭，实验证明，药物在鱼虾安全浓度内，很难杀灭裸藻。裸藻大量繁殖的池塘，因为它抑制了其他有益藻类的生长，使得水体清瘦。
裸藻水华的调控方法主要分三类。
一是生物方法：
移植水葫芦、水浮莲（草鱼池）等适量水生植物；或者培养其他藻类，让藻像复杂不单一；较为经济的方法是混养鲢、鳙、罗非等滤食性鱼类，一般每亩放50-150尾；还有就是投放生物制剂。
二是物理方法：
经常换水，保持水质清新；每天中午开增氧机2小时，增加水体交换；使用絮凝剂，严重时连用2-3次，使用后注意解毒培水。
三是化学方法：
调节水体pH值，利用裸藻对pH敏感的特点调节裸藻生长；调节盐度，裸藻大部分生长在淡水中，可在裸藻集中区域泼洒粗盐（8-10斤/亩）进行抑杀，前提是必须使用过絮凝剂絮凝；使用消毒剂或灭藻剂在裸藻集中区域泼洒杀灭。化学方法虽然快速，但千万不可在裸藻衰败期使用，以免造成人为倒藻、泛塘。
裸藻水华重点在防不在治，一般裸藻水华要在水体富营养化的情况下才会出现，平时的调控是有效杜绝水华的方法。合理搭配养殖品种，多增加底层鱼的数量。定期投放微生态制剂调水，第一次投放后隔15天投放第二次，接下来至少每隔1个月投放一次，冬天可适当延长投放时间。定期投放腐植酸钠腐化底质，一般1个月使用一次即可。
对于出现裸藻水华的鱼塘，一般处理方法是在池塘下风口三分之一的区域泼洒灭藻剂进行杀灭，视情况使用1-2次。用药后要进行换水，没有条件的注意增氧，保证溶氧充足。隔4-5天后使用芽孢杆菌调水一次，对于老化、淤泥多的池塘隔15-20天再进行二次调水。如果池塘已经发生水华，建议在池塘下风口进行局部杀灭，选择一天中水华最集中的时候用扑草净等灭藻剂泼洒，一般情况下使用1次即可，如有需要可隔一周再用一次。用药后注意隔1-2天后使用有机酸泼洒解毒，解毒后接着用微生态制剂进行培菌，让有益菌尽快生长起来，占据种群优势，抑制裸藻的生长。
